Stand der Wissenschaft

Wasser, das für die Faltung der Proteine ​​notwendige Medium.

Wasser auf molekularer Ebene verstehen

Wasser ist in der Zellbiologie essenziell – es besitzt einzigartige Eigenschaften, die Leben ermöglichen. Drei Schlüsseleigenschaften des Wassers sind besonders relevant und werden in der wissenschaftlichen Literatur beschrieben:

  • Die Fähigkeit, spezifische elektromagnetische Energien zu absorbieren
  • Die Bildung kohärenter Domänen
  • Die Veränderung der Ordnung (Entropie) an Oberflächen

 

Wenn Wassermoleküle bestimmte elektromagnetische Energien absorbieren, bilden sich kohärente Domänen, das sind winzige Bereiche in
erhöhter Ordnung (niedrigem Entropieniveau). Diese übertragen sich, ähnlich wie eine La-Ola-Welle im Stadion, schnell auf die umgebenden
Wassermoleküle. Wenn diese Domänen an eine Oberfläche stossen, bildet sie eine dünne Schicht geordneter Wassermoleküle aus, die
sogenannte Exclusion-Zone (EZ). Ohne einen ständigen Nachschub an kohärenten Domänen sind diese EZs kurzlebig und können auch nicht
gespeichert werden. Sie spielen aber eine entscheidende Rolle in biologischen Prozessen

Nach der Quantenelektrodynamik (QED) Theorie des Wassers (entwickelt von Del Giudice, Preparata und Vitiello), entstehen kohärente Domänen (CDs) im flüssigen Wasser unter dem Einfluss von elektromagnetischen Feldern (EMF)

Die Erzeugung dieser Domänen erfolgt nicht durch eine einfache chemische Reaktion, sondern durch physikalische Prozesse, die die molekulare Anordnung und Schwingung beeinflussen.  Kohärente Domänen repräsentieren einen Zustand erhöhter lokaler Ordnung im Wasser, der durch die Wechselwirkung mit Grenzflächen und elektromagnetischen Feldern induziert wird. Dieses Phänomen ist zentral für die Erklärung der einzigartigen physikalischen Eigenschaften von Wasser in biologischen Systemen.

Schlüsselmechanismen zur Erzeugung

  • Elektromagnetische Felder: Wasser ist aufgrund seiner Dipoleigenschaften sehr empfindlich gegenüber elektromagnetischen Feldern. Diese Felder können die Wassermoleküle dazu anregen, sich gleichgerichtet auszurichten und in kohärente Schwingungszustände zu wechseln.
  • Energieaufnahme: Die Interaktion von Licht (insbesondere Infrarotlicht) und anderen Energieformen mit dem flüssigen Wasser erzeugt diese Quanten-kohärenten Domänen, in denen die Wassermoleküle kollektiv zwischen einem Grundzustand und einem angeregten Zustand oszillieren.
  • Oberflächen und Grenzflächen: Kohärente Domänen werden oft an Oberflächen stabilisiert, z.B. an Zellmembranen, Proteinen, oder Makromolekülen in biologischen Systemen. An diesen Grenzflächen bildet sich eine strukturierte Schicht (oft als „Exclusion Zone Water“ oder EZ-Wasser bezeichnet), die das kohärente Verhalten fördert. In dieser Schicht sind die Wassermoleküle in einer hochgradig organisierten, kristallähnlichen (aber flüssigen) hexagonalen Gitterstruktur angeordnet.
  • Reduzierte Entropie: Diese geordnete Anordnung stellt einen Zustand geringerer Entropie dar. Die Moleküle haben weniger Freiheitsgrade und schwingen synchron (kohärent).

Die Rolle des Wassers bei der Proteinfaltung

In der Zellbiologie sind die Eigenschaften des Wassers – Energieabsorption, Bildung kohärenter Domänen und Oberflächenordnung –
grundlegend für die Proteinfaltung. Der Prozess beginnt mit der Freisetzung spezifischer, absorbierbarer elektromagnetischer Energie durch
angeregte freie Radikale. Diese Energie wird von den umgebenden Wassermolekülen absorbiert und bildet kohärente Domänen, die auf der
Oberfläche ungefalteter Proteine eine dünne Schicht höher geordneter Wassermoleküle bilden. Anschließend findet der für die Proteinfaltung
entscheidende Entropieaustausch statt. Ungefaltete Proteine liegen in einem ungeordneten Zustand (hohe Entropie) vor. Um sich zu
einem höher geordneten Protein zu falten, muss das ungefaltete Protein in einen geordneten Zustand (niedrige Entropie) übergehen. Das
Wasser gibt seine Ordnung ab, die Proteine gewinnen an Ordnung, falten sich und werden strukturiert und funktionsfähig.

Der Prozess der Protein-Faltung

Die Protein-Faltung ist ein thermodynamischer Prozess, der durch eine Änderung der Entropie zwischen dem Protein und der dünnen Schicht geordneten Wassers, die es umgibt, gesteuert wird. Funktionierende Proteine entstehen, wenn eine ungefaltete Aminosäurekette von einem Zustand niedriger Ordnung (hoher Entropie) in einen Zustand hoher Ordnung (niedriger Entropie) übergeht.

Geordnetes Wasser, auch Exklusionszonen-Wasser (EZ-Wasser) genannt, besitzt eine geringe Entropie, da seine Moleküle hochstrukturiert sind. Im Gegensatz dazu hat eine ungefaltete Aminosäurekette eine hohe Entropie, da sie ungeordnet ist.

Wenn eine ungefaltete Aminosäurekette von geordnetem Wasser mit niedriger Entropie umgeben wird, kann es zu einer Änderung der Entropie kommen. Dieser Übergang führt dazu, dass die Ordnung in den Wasserschichten um das Protein abnimmt, wodurch sich das Protein in seine hochgeordnete, funktionelle 3D-Struktur faltet. Dieser Mechanismus zeigt, wie entscheidend die richtige Wasserstruktur für eine effiziente Protein-Faltung und damit für die Zellfunktion ist.

Die Proteinfaltung ist ein komplexer thermodynamischer Prozess, der einen Entropiewechsel (Änderung der Entropie) benötigt und diesen auch beinhaltet. Der Prozess ist ein faszinierendes Beispiel für das Zusammenspiel von Entropie und Enthalpie im biologischen System. 

Der Netto-Entropiewechsel während der Proteinfaltung ist negativ, das System wird also geordneter. Dies scheint dem Zweiten Hauptsatz der Thermodynamik zu widersprechen, der besagt, dass die Entropie in einem isolierten System zunehmen muss. Die Proteinfaltung ist jedoch kein isoliertes System; sie findet in wässriger Lösung statt. 

Die Rolle der Entropie bei der Proteinfaltung

Der Gesamtprozess wird durch das Gibbs-Helmholtz-Kriterium beschrieben:

ΔG = ΔH – TΔS

Damit Faltung spontan abläuft, muss die freie Gibbs-Energie (ΔG) negativ sein.

Der Entropiebeitrag (ΔS) lässt sich in zwei Hauptkomponenten unterteilen:

  1. Entropie des Polypeptidrückgrats (negativ)
    • Ungefalteter Zustand: Das ungefaltete Protein (die Zufallsknäuel- oder „random coil“-Konformation) besitzt eine sehr hohe   Konformationsentropie, da viele verschiedene Strukturen möglich sind.
    • Gefalteter Zustand: Das gefaltete, native Protein nimmt eine spezifische, hochgeordnete und starre dreidimensionale Struktur ein.
    • Nettoeffekt: Die Reduktion der möglichen Konformationen führt zu einem starken
  1. Entropie des Wassers (positiv und entscheidend): Dies ist der entscheidende Faktor, der die Faltung ermöglicht.
    • Ungefalteter Zustand: Die hydrophoben (wasserabweisenden) Seitenketten des ungefalteten Proteins sind dem Wasser ausgesetzt.   Das Wasser reagiert darauf, indem es geordnete Käfigstrukturen, sogenannte Cages oder Klathrate, um diese hydrophoben Reste   bildet. Dies reduziert die Entropie des Wassers stark.
    • Gefalteter Zustand: Während der Faltung bewegen sich die hydrophoben Seitenketten in das Innere des Proteins, weg vom Wasser   (hydrophober Effekt). Die geordneten Wasserkäfige lösen sich auf und die Wassermoleküle werden in den freien, ungeordneten   Zustand entlassen.
    • Nettoeffekt: Die Freisetzung dieser Wassermoleküle führt zu einem starken

 

Fazit 

Der Gesamt-Entropiewechsel (ΔSGesamt) für das System (Protein + Wasser) setzt sich zusammen aus dem negativen Beitrag des Proteins und dem positiven Beitrag des Wassers.

ΔSGesamt = ΔSProtein + ΔSWasser

Der positive Entropiegewinn durch das Lösungswasser ist in der Regel groß genug, um den negativen Entropieverlust des Proteins auszugleichen oder sogar zu übertreffen.

Der hydrophobe Effekt ist somit die Hauptantriebskraft für die Proteinfaltung, angetrieben durch den Entropiegewinn des Wassers.